Se considera que la Iglesia católica tiene una gran responsabilidad en la aparición de los sitemas penitenciarios. El sistema de la Santa Inquisición funcionó como una pena privativa de libertad en toda regla. Aquellas personas culpadas por delitos-pecado (en aquel momento no estaba clara la diferencia entre delito y pecado, así que tendían a equipararse) se les commutaba la ejecución de la pena de muerte por la pena privativa de libertad. Dicha pena podía ser de distintos tipos: determinada, indeterminada, pena perpetua... Ésta última se le concedía al que, condenado a la pena capital, confesaba su pecado y se arrepentía; y se caracteriza por la frase VADE IN PACE (ir en paz).

Los delito-pecado podían ser absurdeces, como contradecir a la moral cristiana, decir que la Tierra no era plana, las blasfemias, la brujeria, etc..

Los presos de la Inquisición cumplían un estricto régimen penitenciario, las características del cual son las siguientes:

  • El preso debía vivir las 24 horas del sía en solitario: estaba aislado del resto de presos y de la sociedad en general.

  • Existía la prohibición de hablar, conocida por el nombre del Sistema del Silencio.

  • Si el preso incumplía alguna de las reglas anteriores podía ser castigado de dos formas: o bien reduciendo su dieta a pan y agua o bien mediante una pena corporal.

La finalidad de la pena era la expiación del delito cometido, de modo que en muchas ocasiones el inculpado se sometía, voluntariamente, a un sacrificio doloroso que, de ser superado, purificaba ante Dios al pecador (recordamos que se equiparaba el concepto de delito con el de pecado).